La Alianza Universitaria Europea Arqus cuenta con el apoyo de la Unión Europea mediante la financiación de diferentes proyectos. La iniciativa Arqus 2022-2026 está cofinanciada por el Programa Erasmus+ de la Unión Europea.
Arqus también cuenta con el apoyo a nivel nacional del Servicio Español para la Internacionalización de la Educación (SEPIE), dependiente del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. El apoyo de la Comisión Europea no constituye una aprobación de los contenidos, que reflejan únicamente las opiniones de los autores. La Comisión no se hace responsable del uso que pueda hacerse de la información contenida en la misma.